一、只有团结协作，才会战无不胜
四个神龟英勇善战，除暴安良，但它们之间也发生了矛盾，沉寂多年后，拉斐尔学会了一个人独身作战，而达芬奇学习归来，就被老师认命为队长，拉斐尔不服，在经历了自己受伤晕倒、和达芬奇对打、与远古魔兽军团搏斗后，它懂得了只有团结协作，才会战无不胜。
二、领导是一门艺术
超级忍者鼠老师在整部影片中，并没有多少台词，但是它的每句话都堪称经典，当达芬奇学习归来后，老师把所有的希望都寄托在它身上，告诉它要学会承受；当拉斐尔看到达芬奇被远古魔兽军团掠走后，又感人至深的对拉斐尔说，我喜欢你，你也一样机智勇敢，但是不够谦虚谨慎，一针见血的肯定了拉斐尔的优点，也指出了它的不足。如果说忍者神龟之所以成功，最重要的原因是有一名老师这样超棒的指挥家，领导也是一门艺术。
三、害人之心不可有，防人之心不可无
温特斯试图抓住3000年一次的行星异动“九星连珠”，将自己的咒语解除，以抚慰自己因3000年前成为长生不老之身带给世界的灾难，于是召集远古魔兽军团将危害社会的13个大魔头抓起来，进行解咒，但万万没有想到的是，忠诚的远古魔兽军团在最后一刻背叛了温特斯，第13个大魔头找来神龟达芬奇代替，结果并未达到预期的效果，所谓害人之心不可有，但防人之心不可无。
四、要讲诚信
忍者帮在首领卡拉（章子怡配音）的带领下，根据约定要完成温特斯交给的任务，找到13个大魔头，但第一次完成任务并不是很圆满，想放弃的想法又被温特斯回绝，于是他们继续为和约而努力，在得知最后一个大魔头未找到的时候，卡拉毅然决定要讲诚信，在时间紧、任务重的情况下，找到了第13个大魔头，圆满的完成了约定的任务。
五、尊重对手，学会感谢
忍者帮要去抓第13个大魔头的时候，首领卡拉带人往前冲，而艾普莉尔·奥尼尔和凯西·琼斯则紧随相助，最终它们用智慧引来了第13个大魔头，并最终将其行星异动“九星连珠”的光线中，远古魔兽军团全部消失，而温特斯也现出了原身。而忍者帮的首领卡拉第一话便说的是感谢，感谢艾普莉尔·奥尼尔和凯西·琼斯的相助。
六、要学会享受工作带来的快乐
影片是原声配中文字幕，当然在内地也加入了许多内地的元素，其中的一句“你太有才了”源自赵本山宋丹丹的春节联欢晚会上的台词。而集体出战拯救达芬奇的时候，喊出好“好球”，很有中国特色。而最后莱特斯摔下来的时候，神龟更是无厘头，莱特斯，我看像“要摔死”。神龟们之所以工作充满乐趣，是因为它们学会了享受工作带来的快乐。
七、要留意身边的小事，它可能成为制胜的法宝
艾普莉尔·奥尼尔和凯西·琼斯与温特斯作一笔生意，就是将远古魔兽军团的一位石头将军交付温特斯，当凯西·琼斯拉着大货箱去往温特斯办公室的途中，不小心碰到了一个珍贵的花瓶，结果大厅四周的防盗门全部降落。凯西·琼斯很聪明，当和神龟们在最后一刻营救神龟达芬奇的时候，看后面众多追兵即将进入大厅的时候，突然想到之前打碎的花瓶，灵机一动，打碎一只花瓶，防盗门便截断了追兵的去路。所以要经常留意身边的小事，它可能成为制胜的法宝。
